Создание САДУМ в тяжелые годы войны значительно повысило мобилизационный дух мусульман Среднеазиатского региона. В годы войны Эшон Бабахан призвал мусульман Средней Азии организовать сбор средств и сельхозпродукции для фронта. Разъяснительная работа муфтията САДУМ через имамов-хатыбов позволила мусульманам региона еще более четко осознать губительность фашизма. Мусульмане вместе со всеми свободолюбивыми народами поднялись на беззаветную борьбу против «коричневой чумы», презирая страх и смерть. Чувство великого долга перед Родиной вдохновляло их на героическую борьбу на всех фронтах войны, они достойно трудились и в тылу.

Духовное управление мусульман Средней Азии и Казахстана приняло Обращение ко всем мусульманам, в котором, в частности, говорилось: «Мы, мусульманские богословы и представители верующих Узбекистана, Таджикистана, Туркмении, Киргизии и Казахстана, от имени всех мусульман адресуем это Обращение вам, наши дорогие сыны и братья! Плечом к плечу со всеми народами сражайтесь, как храбрые львы, против нацистских захватчиков, уничтожайте ненавистных фашистов так, чтобы ни один из них не остался на нашей планете! Защищайте каждую пядь нашей земли и укрепляйте свои ряды железной дисциплиной. Мы призываем всех верующих молиться Аллаху и просить Его помочь нашим солдатам и ниспослать быструю победу над врагом».

В грозные годы войны муфтий Эшон Бабахан и Зияуддинхан-кари мобилизовали муфтият на проведение целенаправленной работы по оказанию разносторонней помощи фронту. Они организовывали сбор одежды для солдат и денежных средств для производства оружия, были инициаторами создания постоянного комитета для оказания материальной помощи и моральной поддержки семьям фронтовиков, родственникам погибших и пропавших без вести воинов. Мусульмане региона собрали и передали фронту денежные средства для закупки военной техники, десятки тонн продовольствия, большое поголовье крупного и мелкого скота.

В первой половине ХХ века шейх Эшон Бабахан служил имам-хатыбом в мечети «Тилла Шайх» и одновременно преподавал в медресе «Муи Муборак». Значение имама очень велико: руководя в мечети богослужением, он должен быть безупречным и непогрешимым, так как среди многих верующих он самый образованный, благодаря своим знаниям является не только чтецом Корана, но и толкователем Священного Писания, любое его неверное высказывание может отразиться на правильном понимании Священного текста. Будучи имамом мечети «Тилла Шайх», Эшон Бабахан исполнял возложенную на него миссию с высочайшей ответственностью. Он был преданным и верным распространителем Ислама, религиозным наставником. Вокруг него всегда собирались люди, ищущие истину, он не уставал передавать свои знания и жизненный опыт другим.

Начиная с конца 1943 года председатель САДУМ шейх Эшон Бабахан регулярно приглашал в Ташкент лучших богословов со всей Средней Азии для обсуждения с ними различных важных религиозных вопросов. Несмотря на пожилой возраст, он много ездил по стране. Особенно длительные поездки на автомобиле он совершал по городам Ферганской долины (Андижанская, Наманганская, Ферганская области Узбекистана), издавна славившейся своими улемами-муфассирами, мухаддисами, факихами и специалистами в других областях исламского знания. Здесь он обогащал свой духовный мир, щедро делился мудростью с теми, с кем встречался и кто платил ему огромным уважением и искренней любовью за его энциклопедический ум, беспредельное, религиозное подвижничество и редкое благочестие. Бывал он и в других республиках Советского Союза. Личным примером бескорыстного служения идеям Ислама он пробуждал религиозные чувства и возрождал в других мусульманах веру в священную религию.

Муфтий Эшон Бабахан, выполняя Устав САДУМ и в качестве члена Всемирного совета мира, Советского и Узбекского Комитетов защиты мира, за период своей деятельности заложил основы дружеских связей между исламскими и другими общественными организациями зарубежных стран. Высокие гости из Албании, Бирмы, Великобритании, Индии, Индонезии, Норвегии, Турции и других стран знакомились с деятельностью САДУМ.

Шейх прекрасно знал Коран и хадисы. Он не уставал повторять слова Пророка Мухаммада, мир ему и благословение Всевышнего: «Мусульманин – это тот, кто не причиняет другим мусульманам вреда своим языком и своими руками» (аль-Бухари).

В декабре 1948 года состоялся второй Курултай мусульман региона. Он проходил в мечети «Тилла Шайх», на нем Зияуддинхан ибн Эшон Бабахан единодушно был избран заместителем председателя САДУМ. На этом ответственном посту еще ярче проявился его организаторский талант, помноженный теперь на глубокие теоретические знания, богатейший опыт той жизненной школы, главным наставником в которой всегда оставался его мудрый отец – Эшон Бабахан.

По поручению второго Курултая шейх Зияуддинхан возглавил работу по подготовке специального положения о работе мечетей. Принятие этого важного документа способствовало заметному упорядочению деятельности всех культовых учреждений, поскольку он четко регламентировал статус таких ключевых должностей, как хатыбы и имамы для пятикратных намазов в соборных мечетях, а также наибы-имамы и муэдзины. Хатыбам и имамам, в частности, вменялось строгое соблюдение предписания шариата об организации повседневной религиозной службы, о проведении мероприятий, связанных с различными знаменательными событиями. Позже по инициативе шейха Зияуддинхана и при его непосредственном участии были выпущены фетвы о порядке проведения Мавлида ан-Набий, о правильной организации траурных собраний и других мероприятий, в которых ведущая роль принадлежит мечетям и возглавляющим их служителям исламского культа. В итоге был, например, упразднен нерациональный и весьма обременительный обычай отмечать Мавлид ан-Набий в течение чуть ли не целого календарного года; заметно строже и торжественнее стали проводиться заупокойные службы-джаназа, перестав быть местом чрезмерного и в основном праздного скопления людей и пышных угощений. Настрой на неформальное соблюдение норм и правил шариата – вот лейтмотив всей деятельности шейха Зияуддинхана, ведущий принцип, которым он руководствовался всю свою подвижническую жизнь.

Его особое внимание к мечетям как главным проводникам и хранителям устоев Ислама способствовало постоянному возрастанию организованности и порядка во всех религиозных общинах Средней Азии и Казахстана, а деятельность мечетей приобрела еще более четкий, целеустремленный характер. Это, в свою очередь, открыло еще большие возможности для благоустройства, ремонта и реставрации многих домов Аллаха в Узбекистане, Таджикистане, Киргизии, Туркменистане и Казахстане.